بر اساس آیین‌نامه نظارت مجمع تشخیص مصلحت نظام، نظرات مجمع نسبت به لوایح برنامه و بودجه از طریق شورای نگهبان به مجلس ابلاغ می‌شود که نمایندگان مکلف به رعایت این نظرات هستند.
سخنگوی شورای نگهبان گفت: مجمع تشخیص مصلحت نظام نظرات و مغایرت‌ها را برای شورای نگهبان ارسال می‌کند و این شورا نیز بدون دخل و تصرف این نظرات را برای مجلس شورای اسلامی ارسال می‌کند و مجلس مکلف به رعایت این نظرات است.
عباسعلی کدخدایی در گفت‌وگو با ایرنا در پاسخ به این سؤال که باتوجه به اینکه مجمع نظر خود را درباره لایحه برنامه ششم توسعه اعلام کرده در صورتی که کمیسیون تلفیق مجلس بر مصوبات قبلی خود اصرار کند، شرایط چگونه خواهد شد، افزود: اگر مجلس بر نظرات خود اصرار کند، آن نظر به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارسال می‌شود و بار دیگر نظر مجمع اخذ می‌شود، در این راستا شورای نگهبان وارد ماهیت نظرات مجمع نمی‌شود.
شورای نگهبان با بررسی لایحه برنامه ششم توسعه، 38 بند و ماده مصوب مجلس را دارای ایراد دانست و برای اصلاح به مجلس بازگرداند که این موارد در جلسه روز گذشته کمیسیون تلفیق مجلس بررسی شد.
مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز که لایحه برنامه ششم توسعه را همزمان با سیاست‌های کلی نظام بررسی کرد، اعلام کرد: این لایحه در 17 مورد مغایر سیاست‌های کلی نظام است.
