رهبر انقلاب اسلامی، درگذشت مرموز سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال ۱۳۵۶ را زمینه ساز ایجاد موج مردمی دانستند و گفتند: نحوه مواجهه امام (ره) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیه الهی دانستند، بخشی از شخصیت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.
به گزارش ایسنا، حضرت آیت ا... خامنهای روز گذشته در دیدار دستاندرکاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت ا... حاج سیدمصطفی خمینی در آستانه چهلمین سالگرد رحلت ایشان، ضمن قدردانی از برگزاری چنین کنگرهای، مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرأت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود و معرفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است.
حضرت آیت ا... خامنهای به جایگاه تأثیرگذار مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در حادثه مهم دستگیری امام(ره) در سال ۴۲ اشاره کردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه (س) و گرد آمدن مبارزین در کنار ایشان، کار بزرگ و شجاعانهای انجام داد و توانست حرکت مردم را هدایت کند.
حضرت آیت ا... خامنهای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سید مصطفی خمینی و ساده زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزندِ شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی(ره) بود اما ذرهای از نشانههای آقازادگی در وی نبود.
ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی بهشدت علاقهمند و عاشق امام بود و کوچکترین تعرض به شخصیت امام را بر نمی تابید.
پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت الاسلام و المسلمین رشاد رئیس شورای سیاستگذاری همایش بزرگداشت مرحوم آیت ا... حاج سیدمصطفی خمینی و آقای حمید انصاری دبیر همایش، گزارشی از برنامههای کنگره بزرگداشت مرحوم آیت ا... حاج سیدمصطفی خمینی و اقدامات انجامشده بیان کردند.